袁氏要求國民黨人靜待法庭解決宋案，但他本人卻不打算真的以法律手段來解決。由于洪、應、趙三人都牽涉以非法手段cao弄憲法起草，以及圖謀以莫須有之證據損毀孫黃宋聲譽，這一陰謀一旦在法庭上公開訊問，對作為幕后主使人的袁世凱將是重大打擊，很有可能直接影響其競選正式大總統，因此，袁世凱是絕對不會允許這種情況出現的。為此，他針對三人情況采取了不同的應對策略。

    對于洪述祖，盡管麻煩都因他擅自唆使應夔丞殺宋而引起，但袁世凱更擔心的是，洪述祖一旦被抓，其以非法手段傾陷政敵的陰謀將不可避免曝光于天下，因此，他對洪采取了故縱策略，讓其從容逃往青島德國租界，并與其私下交易，讓其一身擔責。對于應夔丞在上海法租界被抓，袁世凱得到消息后，立刻于3月27日召開會議，與各國務員密議一切善后辦法，試圖將應犯解京辦理。[112]又命外交總長陸征祥往晤駐京法國公使康堆，提出宋教仁被刺案關系南北意見，為泯除南北猜疑起見，擬將此案提京嚴訊，務期水落石出。[113]袁世凱還通電各省征集意見，豫、晉、陜、滇、鄂、湘、川、粵八督均以保存法權為由，主張提京審辦。[114]然而，江蘇都督程德全和黃興都主張將該案歸上海訊辦。輿論也質疑，洪、應都是中央任命的官吏，平素常奔走于權貴之門，政府提歸中央，實欲改易供詞，消毀證據，以敷衍了事。[115]同時，法、美、德、英各國公使提出欲維持人道，保障租界治安，須在會審公堂審結，非水落石出時不能引渡。[116]袁世凱這才不得不決定將提京之議取消。[117]迨應夔丞移交上海地方法庭審理后，由于處于國民黨人監控之下，袁世凱難以下手，于是他在明知陳其美并非刺宋主謀的情況下，對應夔丞黨徒為脫罪而采取的陷害陳其美之舉，采取縱容乃至暗中支持策略，借以轉移視線，混淆視聽，將輿論攻擊矛頭引向國民黨人。[118]

    對于趙秉鈞，袁世凱動用心思最多。宋教仁被刺后，袁、趙二人都受到了攻擊，而趙秉鈞所受攻擊尤重。為此，趙秉鈞屢屢提出辭職，要求出庭與兇手對質，以自證清白。但對袁世凱而言，一方面擔心趙秉鈞出庭對質將暴露二人以非法手段傾陷政敵的陰謀；另一方面，一旦趙秉鈞辭職，他就將失去擋箭牌，輿論對他的攻擊就會加大。因此，他對趙秉鈞辭職一次次予以拒絕，并力阻其出庭應訊。不僅如此，如前所述，袁世凱方面還制造了一個血光黨事件，由一位名叫周予儆的北洋女子師范學堂學生出面自首，誣陷黃興派其在京組織暗殺機關，然后由京師地方檢察廳移請上海地方檢察廳票傳黃興到案，作為對上海地方檢察廳票傳趙秉鈞的抵制。此種伎倆讓張謇實在看不下去了，致函袁世凱道：吾人深知周予覺、周予儆之誣扳與物證之虛造，于審訊之時必昭然大白于天下國民數千年之特性，對于冤案無不感奮激昂，有同身受，于負人望者橫被冤抑為尤然，傳諸稗謠，被于閭巷，已成一般社會之心理。何苦故犯眾怒，至于如此？[119]

    袁世凱的第三個策略，是想方設法糾合各派力量，對付國會內稍占優勢的國民黨人。

    此種策略，早在刺宋案發生以前，袁世凱就已經在實施。刺宋發生后，袁世凱更極力聯合統一、共和、民主各黨，借以達其目的。[120]工商總長劉揆一赴滬吊唁宋喪之前，曾于3月29日謁見袁世凱，談及善后事宜，以政黨內閣為請，袁意味深長答道：政黨內閣殆不成問題也，國會開后視誰黨議員占多數，內閣即應歸誰黨組織之，余何容心焉。[121]其時，外間正傳聞有人將組織進步黨，袁世凱對劉揆一所言傳出后，有人認為：所謂進步黨者，即袁大總統仿日本桂太郎組織新政黨之辦法，以為抵制國民黨之物也。[122]雖說袁世凱自己組織進步黨之說并不準確，但他的確在謀劃利用共和黨、民主黨、統一黨三黨聯合組織進步黨之機對付國民黨。為此，他對國民黨議員采取了收買分化策略。參議院議長、國民黨人吳景濂曾述其事道：

    袁、趙恐在滬國民黨孫、黃諸先生對此案（指宋案;引者）不能恝置，恐不久有軍事發生，又恐國會定四月八日開會后，對此案大肆攻擊，雖〔遂〕一面備戰，又一面用錢賄買兩院國民黨議員入擬議中成立的進步黨，并唆使孫少侯（名毓筠）等另組政黨名為政友會，專收買國民黨兩院議員，以減少國民黨在兩院議員之人數。復派孫少侯、林述慶等秘密見予，請予脫離國民黨，以五十萬元為用，其組黨費另外酬給，予嚴詞拒絕之。[123]

    日本報紙也有報道，謂袁世凱為了對付國會中的國民黨議員，無所不用其手段：

    袁以國會中國民黨議員頗占多數，遇事掣肘，不能為所欲為，遂以金錢買收國民黨議員，且對于該黨議員之有力者，以內閣總長之條件誘之，不動，則用他法以制之。如對于有剛直聲望之李肇甫，前日曾促其父使之歸里，其一證也。又使該黨之軟派議員組織第三黨，以分其勢力，而使其紛擾。凡可以達一己之目的者，其手段之險惡，非所顧也。[124]