國民黨及其支持者認定袁、趙為刺宋幕后主使，掀起反袁聲浪，不僅要求二人解職，接受法律裁判，而且通電各國，聲明正式總統不能舉袁，萬不可借款于袁任內。[101]袁世凱之憂心可想而知。1913年4月8日為國會參眾兩院開幕之期，袁本擬親赴兩院演說，但以宋案發生以來，不能不格外慎重，爰即借口法、美各共和先進國俱無此例，未便獨為創舉，決定不親赴院，屆時只將宣言書咨送過院，并由總統府秘書長梁士詒向各黨說明大總統不能到院之理由。有人提出質疑：去年臨時參議院開幕時，袁氏曾親出席演說，何以不聞援法、美之先例乎？有人則匿笑袁之膽怯，并以調侃語氣向梁士詒獻策謂：總統何不臨時裝病，不較冠冕耶？梁但微笑而已。[102]上海某西報記者注意到：袁世凱近日外雖矯為鎮定，其實已極倉皇。有謁之者出，言袁見客時，向來精神煥發，目光射于四座，而近十日來，則態度大變，與人談論時，其目光常注于茶碗之上，且言語或致前后不相應接云。[103]而孫中山也曾向日本駐上?？傤I事有吉明透露：最近以來，袁氏每日數電前來，一則為其本人之立場開脫，二則請求本人予以推舉，本人尚未復其一電。[104]可見袁世凱對于正式大總統之位何等看重，甚至愿意放低身段，請求孫中山支持。

    刺宋案的發生，還嚴重影響到了列強對民國政府的承認。外人對于承認問題群起研究，以為此事必惹起無窮之紛爭，而影響于各國之商務，承認問題將因此起一大阻力。[105]5月1日，參議院本來已得到外交部電話通知，說美國駐華公使將于5月2日上午11時遞交正式承認國書，但情況忽然發生變化，美國公使表示因借款及宋案兩大問題，南北頗有不穩之象，已發電詢之華盛頓政府，須俟回電到后，始能致送國書。[106]

    然而，袁世凱畢竟久經風浪，很快便通過采取一系列措施，抵擋住了宋案造成的沖擊，并逐漸由守轉攻。

    袁世凱的第一個策略，是將宋案定性為法律問題，而非政治問題，竭力反對國民黨人將宋案與政治問題相關聯。為此他特別在宋案證據公布后，于5月初發布了關于宋案的通令，強調宋案純系法律問題，應當依律科斷，案外之人不得節外生枝，擾亂政局。令曰：

    刑事案件，應由檢察官提起公訴，經由刑事審判，宣告判決。茍非被害者及其利害關系人，決無案外參加之理。前農林總長宋教仁在滬被刺一案，前經上海公共租界會審公堂及法界會審公堂，分別拘犯檢證，預審終結，交歸中國上海地方檢察廳審訊。案中證據亦據江蘇都督、民政長有電撮要宣布。其原電所呈國務總理趙秉鈞致應犯及洪述祖手書各一件，然一為發給該犯應密電碼，一為該犯請領津貼，均屬因公，無關宋案，已由該總理通電各省都督、民政長宣布。究竟有無關涉，應由法庭依法判決。教唆主使，國有常刑，無所庸其袒庇，亦無所庸其羅織案外無干之人，更不能互相揣測，謬為詆諆。乃近來迭接各處來電，竟指趙總理為宋案主謀，并稱人心憤激，請速誅趙等語。閱之殊堪駭詫。查趙總理致應犯手書二件，初無一語涉宋，未經審判，尚難認為有犯罪嫌疑，即果犯罪屬實，刑律既有明條，盡當依律科斷，純系法律問題，何能涉及政治。似此節外生枝，誠恐溷淆觀聽，擾亂政局。為此明白宣示：宋案現既破獲，一經法庭研鞠，有無主謀，自不難水落石出。各該案外之人，毋得飛短流長，借端挑撥，俾昭信讞，而釋群疑。將此通令知之。此令。[107]

    國務院亦發表通電，不點名批評國民黨人將法律問題混入政治，意圖破壞現狀，謂：

    此是法律問題，與政治判然兩途。好事之徒，不候法律解決，妄生謠喙，直欲使法律混入政治，以遂其破壞之計。又直欲藉一二人曖昧之私，傾覆政府，搖動國本。[108]

    袁氏還借萬國改良會會長丁義華即將赴上海參加禁煙討論會之機，與之會面，向南方國民黨傳話：

    至于宋案，在余毫不知曉，惟未經法庭，是非未判之前，亦不能任意出入人罪。洪述祖國家毫不袒護，現在與德使交涉?？傊埠蛧居闪⒎?、司法、行政三權組織而成，此事真偽應由立法機關切實調查，司法官廳秉公審斷，極盼望早日水落石出，以釋群疑，庶免幸災樂禍之徒乘機煽惑，以致國民涂炭，民國動搖耳。[109]

    而對湖南都督譚延闿、江西都督李烈鈞、安徽都督柏文蔚及廣東都督胡漢民在宋案及大借款問題上批評政府，袁氏發表通電，嚴厲斥責，謂為雌黃信口，熒惑人心，又謂宋教仁被刺案現方開審，檢查證據，自有專司，非經法庭，無從判決，如不候國會之制裁，與法官之判決，好為逆億，預蓄成心，侵軼鼎立之三權，淆惑一時之耳目，似此上無道揆，下無法守，人心一失，大命隨之，該都督等亦難辭其責任。[110]袁世凱一方之《大自由報》甚至攻擊國民黨以最卑鄙之手段，最惡劣之心地，藉死人為傀儡，混政治于法律，置正義道德于不顧。[111]

    袁世凱的第二個策略，是對于涉案的洪述祖、應夔丞、趙秉鈞采取不同的策略，千方百計予以庇護，盡可能為自己筑起一道防火墻，以免宋案沖擊到自己競選正式大總統選情。