應夔丞還給袁世凱上了一封密呈，訴求與通電相同，惟否認其雇用武士英殺害宋教仁，聲稱宋教仁主張政黨內閣，直欲把持國事，冀為總理，又運動議員，煽惑軍隊，勾結外人，私舉國債，廣刊報紙，到處演說，欲破壞共和，顛危大局，不惜以國家為孤注，博私人之權力，此誠民國罪人，實為人民公敵。自己與宋本無私仇夙怨，但目擊宋與孫、黃等種種布置，指日破我國家，不得已圖購求宋、黃等在日本之丑歷史，刊印傳布，藉毀損其名譽，以杜一般社會之盲從，稍阻危機于一發，此反對宋教仁等之實在情形也，并稱反對者政策，非反對其生命。至于武士英之暗殺宋教仁，乃純然發生于政見，系個人之單獨行為。[105]袁世凱于11月6日將應夔丞密呈交國務院討論，11月7日經國務會議后，11月8日國務總理熊希齡又將原呈及院議節略并交司法部詳議。[106]最終，袁世凱政府似乎并未對應夔丞的胡言亂語做出回應。于是，應夔丞坐不住了，決定親自到北京請功邀賞。11月19日，《申報》刊登北京電，謂應桂馨業已抵京。[107]其抵京后情形，據云初則伏匿于東城某顯者家，最后乃居于李鐵拐斜街同和旅館，有時則匿大外郎營某宅。其父與妻亦到京，居于騾馬市大街長發棧。應每夕徜徉于八大胡同，駿馬高車，其行如駛，且有護衛多人蜂擁而行。[108]其時已是二次革命國民黨人慘敗之后，想必應夔丞以為自己已經安全無虞。1914年1月17日，應于某處嫖妓并大吸鴉片，又于夜半招妓唱曲，查街軍警不知其為應夔丞，將要拘拿，應夔丞氣焰熏天，原形畢露，曰：我乃民國首功，又殺宋教仁之功首，現在政府將予我上將，并酬勛二位及國庫證券百萬，今我逸興遄發，樂此以消永夕，干汝何事？[109]兩天后，即1月19日下午，應夔丞忽于津京快車上被刺身亡，當時情形，報紙曾詳細報道：

    一月十九日下午，應夔丞乘四點三十分之快車，由京赴津，同行者有執法處高等偵探李桂芳、王芝圃二人，據稱系保護應夔丞赴津也。車經落垡時，車上忽喧傳頭等客車上有人被刺斃命，旅客聞之，人皆驚愕，猶欲一睹厥狀，爭先恐后，群向頭等車去。此案發生后，最先聲喊報信者，即系與應同行之王、李兩人。行車稽查員聞報，徑往探視，當即盤詰王、李二人，據云不知實情。又云車行半途，二人因事暫離頭等車，而往他處，少焉方回，則見應已被刺絕命矣云云。頃刻之間，應某被刺之音耗已傳遍各車，旅客一時慌亂無措，殊有談虎色變之態。須臾，車抵天津總站，站上已有偵探及警吏多名守候，蓋已得電報矣。車方停止，有多數旅客下車，爭相告語，斯時站上人眾咸欲往頭等客車一視，雖由路局加派巡警彈壓，而驚惶之狀已極，車站秩序幾為之紊亂。站警皆用刺刀向眾示威，始稍為安靜。車中某客述當時情形云：車距津站不遠之時，突有一華人由頭等車出來，口吹警笛，并大喊有人被刺，當時餐車內有六七外國人，正在用膳，聞信急起往應車內，見死者橫臥榻上，身穿灰白色長褂，足著西式皮鞋，而長褂上已染有血漬，其色鮮紅。兇手所用之刃，形似外國獵刀，刀口長六寸，其鋒甚銳。車室內血漬狼藉，雜物散亂，足征應未死之前，必與兇手有極猛烈之格斗也。另有白磁茶壺一具，拖擲地板上，已成碎粉。又有皮包一個，其皮面上有一裂口，似系用猛力以劃破者。最堪驚異者，室中猛力爭扎，而室外竟無一人覺察也。當稽查員探視時，偕一西人按死者之脈，則其手已冰冷，蓋應死已久矣。聞同行之王、李二人到津站后，旋即送交審判廳看管，而應之尸體亦已拍照存影，以作參考云。[110]

    關于應夔丞入京及被殺之報道中，最令時人感覺不可思議者有二。（1）應為宋案有重要關系之人，又為越獄重犯，何遽貿然入京，且滯留京中多日，出入招搖，毫無避忌。都中軍警林立，偵探密布，應果具有何種幻術，竟能逃出眼線，始終未經發覺。此一奇也。（2）執法處非他，乃北京執行軍法之惟一機關，既發覺與殺案有重大關系之人，且為越獄重犯，不即捕殺，而反派人保護，其奇離殆有不可思議者此又一奇也。[111]其實，此二奇不難解釋，蓋應夔丞在1912年夏便結識京師警察廳勤務督察長錢錫霖，當年12月至1913年1月應夔丞在京期間，又與錢錫霖有密切交往。[112]更重要者，宋案證據宣布后，應夔丞曾寫信給當時在京的袁世凱心腹、河南護軍使雷震春，并派律師愛理斯到京面見錢錫霖求援。應為脫罪并討好政府，于信中誣陷陳其美指使其殺宋，然后嫁禍政府。雷、錢建議應夔丞黨徒以共進會名義繼續曝陳其美之不法，雷并將相關情形向袁世凱進行了匯報。[113]應夔丞原本就一直以為殺宋乃中央的意思，自己是功臣而非罪犯，加之與警察廳錢錫霖等人有關系，因此他敢到京城來，并且有恃無恐。然而，彼一時此一時，雷、錢當初幫助應夔丞，是因為可以利用他來攻擊陳其美，從而轉移輿論攻擊政府的視線，而此刻國民黨人已被打敗，袁世凱當選正式大總統，應夔丞已完全沒有了利用價值，反而因為他口無遮攔，不知斂跡，有可能為袁世凱帶來麻煩。因此，跟在他身邊的王、李兩位軍政執法處偵探，與其說是為了保護應夔丞，不如說是要伺機執法，只是自認為功臣的應夔丞不覺而已。（王、李二人倘若真是為了保護或監視應夔丞，則他二人中至少應當有一人寸步不離應夔丞才對，但二人竟然在火車上同時長時間離開應夔丞，顯然是為了給同謀創造刺殺機會，而又制造刺殺與軍政執法處無關的假象，也有可能殺人者就是該二人）故時人云殺應夔丞者，即應夔丞也，[114]可謂自投羅網，自食其果。