盡管應夔丞始終狡辯，但由于從其家中所獲函電文件明確證明其策劃殺宋，且又搜出五響手槍一把，其中尚存子彈兩枚，與武士英在火車站放去三枚后尚存兩枚這一事實吻合，所留兩枚槍彈與火車站腳夫蘇阿榮拾取之彈殼亦復相同，[88]因此，應夔丞為殺宋主犯并無疑義。4月17日晚，捕房荷槍押送應夔丞至上海南市，解犯單上案由為：應桂馨運動王阿發謀刺宋教仁君，應桂馨主使武士英行刺宋教仁君。[89]步兵六十一團團長陳其蔚在警廳協助下，將應夔丞解至江蘇海運局該團營倉關押。然而，宋案被移交中方后，先是圍繞是否組織特別法庭各方爭執不休，接著又在案件剛剛確定由上海地方審檢兩廳進行審訊之時，發生了上海地方審判廳自廳長、庭長、推事、書記官長全體被江蘇高等審判總廳下令撤換的風波。[90]

    5月30日，上海地方審判廳開庭公判宋案，由廳長張清樾主審。由于原告律師金泯瀾、高朔提出抗告，堅持要求出票拘趙、程、洪等到庭后，與應夔丞并案公判；而被告律師楊景斌也提出抗告，以張清樾系江蘇高等審判廳長委任，而非司法部得大總統命令委任，拒不承認。因此，對應夔丞公判未果。[91]6月11日，江蘇高等審判廳以不合法理駁回原告抗告。[92]被告律師楊景斌則被高等審判廳以搗亂法庭，違背律師法規，決定予以懲戒。[93]直至7月初，上海地方審判廳才又確定于7月16日進行第二次公判。[94]

    然而，由于7月12日二次革命爆發，公判并未如期進行，應夔丞也得以乘亂在7月25日凌晨從上海模范監獄逃走。據《申報》報道：二十四晚十二時，模范監獄禁錮要犯應桂馨等，乘南北兩軍酣戰之時，用鐵斧、巨石撞開圍墻，四面撞開四洞，每洞約高二尺，闊尺余，均從洞中一擁而出，一時人聲鼎沸，共逃出男女各犯約有二百人，均在附近屋檐下敲去鐐銬，先由數人擁護應桂馨為首，悉數逃逸，看守兵士見彼等亡命沖出，亦不阻攔。兵士等開槍轟擊，并未傷及一人。[95]又有報道謂，應夔丞等賄通獄官吳確生并某商團會員，當時應等由獄門而出，各會員各穿便服在外接應。吳獄官知事不妙，然后使人將四面圍墻擊成四洞，佯為各監犯由洞逸出。事為江蘇都督程德全獲悉，認為應夔丞等是否由大門而出，抑或掘洞脫逃，其中大有關系，下令密查，以憑核辦。[96]三周后《神州日報》刊登文字，進一步披露了應夔丞收買獄官逃走內幕：

    上海模范監獄內所禁人犯，乘前次制造局激戰時，全數脫逃，宋案要犯應桂馨及冤殺周阮之姚榮澤等，同時遠飏。惟此次應犯等脫逃，外間頗有微辭，然言人人殊，究未能得其真相?，F得確實消息，應桂馨利用戰時運動監獄中最有勢力者，圖謀免脫，言為運動二萬元，由方姓經手，過付五千元，余款尚未交付?，F應犯欲圖賴一萬五千元未付之款，又因先付之五千元分派不勻，內訌微露，其秘為程都督、應省長所聞，擬即派探密查澈究，一面通令各屬嚴緝應、姚各逃犯，務獲究辦云。[97]

    應夔丞后來也承認，自己的確是乘二次革命戰亂之機冒險從獄門逃走，其言道：

    至贛亂發生，寧省獨立上海一隅，亦同時入亂黨之手?！酢趵剜蜞?，黨人威脅利誘，無所不至當攻擊制造局之際，城中秩序大亂，獄官獄卒既無違抗逆黨之能力，獄外又加添亂兵圍守?！酢跻簧碇?，早置度外，惟思與其死于叛匪之手，不如死中求活，乃于八月二十一號（應為七月二十四號;引者）夜，在槍林彈雨之中，冒險幸出獄門。此實天佑人助，故得重睹天日。（□□代夔丞）[98]

    原告方面，宋教仁之妻宋方氏延請律師高朔，于8月14日呈訴上海地方檢察廳，要求迅予行使職權，通令各省，一體懸賞協緝逃犯應夔丞。[99]上海地方檢察廳隨即呈請高等檢察廳，并函知英法捕房及淞滬警察廳，一體幫同嚴緝，并承諾給予拿獲應夔丞及報信助拿應夔丞者重賞。[100]根據日人所辦《順天時報》，應夔丞于8月中旬逃到了日本，住在箱根，[101]但不久又從日本逃回青島藏匿起來。消息很快為江蘇民政長應德閎查悉，除通令各縣水陸警廳一體嚴密訪拿外，并具呈參謀、陸軍兩部，請迅即轉電膠督，設法查緝，務獲解滬，歸案訊辦。[102]

    1913年10月10日，鎮壓了二次革命的袁世凱就任正式大總統。11月4日，袁世凱以國會內的國民黨議員牽連二次革命為由，下令取消其議員資格，并發布通緝令。國民黨重要人物紛紛流亡日本，袁世凱徹底掌控了局面。一直認為殺宋是中央意思的應夔丞，以為機會來了，于是立刻在11月初由青島連發兩電，要求政府為武士英與自己昭雪。第一電謂：叛黨削平，宋實亂首，武士英殺賊受禍，功罪難平，請速頒命令，平反冤獄。[103]第二電謂：

    宋為主謀內亂之人，而竟死有余榮；武士英有為民除害之功，而竟冤沉海底彼孫、黃、岑、李、陳、柏、何、鈕之徒，要不過實行宋策，而種種戲出實由宋所編制，設當時無武之一擊，恐今日之域中，未必能成具體之民國矣茲夔丞棲身窮島，骨rou分離，舊部星散，自念因奔走革命而已破其產，復因維持共和而幾喪其身。伏求迅頒明令，公道平反，宣布宋教仁之主謀內亂及賣國罪案，使有罪者不得幸免，有功者不致沉冤，庶幾是是非非，天下共曉。[104]