很顯然，對于志在競選正式大總統的袁世凱而言，倘若洪述祖順利引渡歸案，趙秉鈞欣然出庭接受質訊，那么，他以不法手段對付政敵的內幕，就將不得不在法庭上攤開。本來，宋教仁被刺時機就很微妙，適發生于臨時總統終局之時，正式總統將出現之日。有此一機會，足以施其攻擊，滅國民信仰袁氏之心，加以背叛民國之罪，則正式總統不得安然屬袁。[151]而刺宋案發生后，袁世凱之正式總統前景的確出現了危機。張謇曾謂：宋案未發生以前，國民黨實未嘗夢及不舉項城為正式大總統，自宋案發生而后，生此一重魔障。迨至借款簽字、派兵赴鄂、票傳克強、解徐企文入京審訊等事相繼發生，益膠結糾而不可猝解。[152]據《大公報》報道，國民黨內激烈分子頗欲俟選舉總統時，在國會內公布宋案證據，俾為打破舉袁之計畫。[153]《大共和日報》則稱國民黨欲借題發揮，一舉而攫得政權。[154]共和黨上海交通事務所致新加坡共和黨支部兼交通事務所電云：宋案政府受嫌，然無確據，國民黨欲借此推翻袁總統，強謂政府主使，乞告各埠僑商，勿受欺。[155]《新紀元報》的報道也說國民黨內暴烈一派極力運動以黃興一派為總統，且以本黨組織政黨內閣，又說該派擬舉黎元洪為總統，袁副之，藉以殺袁之勢，穩健派亦多附和之。[156]而根據黃遠庸從國民黨內部了解的情況，主事者多以刺宋案必與政治有關系，其疑反對黨之心思尚少，其疑政府之意思特多，以是竟謂袁世凱決不可任為總統者。[157]又說原先黨中法律派之排袁，僅在政黨內閣，至宋案發生后，則一律主張不舉袁矣。[158]其時袁世凱方面正與五國銀行團商談大借款事宜，《亞細亞日報》透露孫中山、胡漢民要求上海、香港匯豐銀行致電北京總行，阻止其向政府借款，謂：袁總統必不能再被選為總統，請于袁總統任內萬不借款。[159]《大自由報》也說國民黨以宋案之關系通電各國，聲明正式總統不能舉袁，萬不可借款于袁任內云云。[160]孫中山并在3月26日會見日本駐上?？傤I事有吉明時明確表示，要考慮使議會按照預期集會，一開頭即彈劾袁之喪失立場，而假若我黨主張之政黨內閣方針得到貫徹，則陳述大總統乃一傀儡而已，任何人均可當之。[161]在4月初會見有吉明時，孫中山又表示：關于彈劾問題，須有全體議員四分之三以上出席和三分之二以上之多數通過，如果萬不得已，則在選舉時或將排除袁世凱而另以他人充任總統袁如怯懦，自當退讓；否則興動干戈，反可乘機鋤除元兇，對國家前途，堪稱幸事。[162]

    其他各界反對袁世凱擔任正式大總統的聲音也不斷出現。如3月26日，長沙舉行公民大會，寧調元發表演說，批評袁世凱縱不為皇帝，亦必為終身總統，要求國會議員諸君，勿舉彼為大總統，庶足以鞏固民國，慰宋遁初在天之靈。[163]4月底，公民陸非非發表忠告國會議員書，稱袁世凱已為刑事罪犯，沒有選舉資格，告誡議員珍重自愛，不要受其賄賂，選其為總統，以免遺臭萬年。[164]有一個名叫卜松林的人，甚至給袁世凱發出一封公開電，要袁速引歸林泉，以避賢路，否則殺機大動，咎有攸歸，后悔無窮。[165]5月1日，自由黨、社會黨、工黨等在拱辰門內九畝地上海南市商團cao場開全國公民大會，社會黨干事沙淦提議：要求國會即日提出彈劾臨時大總統及國務院總理案，令臨時大總統及國務總理即日去職，受法律裁判；由臨時副總統代行臨時大總統之權，并剝奪袁世凱候選總統之資格；令國會議員不得選舉袁為正式大總統。全體贊成。接著有汪洋、鄧家彥、戴季陶等多人演說，大旨均主張決不承認殺人犯罪之人為大總統、為國務總理，又須合全國同胞，拼死力不承認未經國會通過之大借款。[166]全國公民大會還致電袁世凱，發出最后之忠告，謂：宋案證據發表，公與趙君，確為主謀如能自知罪戾，即日解職候審，并取消債約，以謝國人，庶幾克洽輿情，不至受法律以外之制裁；萬一執迷不悟，自趨死路，則仁愛俱窮，惟有聲罪致討之一法。[167]就連日本也有輿論認為，袁之無為大總統之價值，要可謂已定也，并認為支那人亦宜排斥如此不德陰險之梟雄，以絕內部之不安，而維列國之信用，庶乎其為良國民也。[168]

    在上述情勢下，袁世凱雖然不曾主謀刺宋，但因無法洗清嫌疑，其考慮的首要問題必然會轉向應對宋案給其競選大總統所帶來的沖擊。正因為如此，我們看到，袁世凱一方面擔心案情發展恐與選舉正式總統大有妨礙，于4月6日晚打出密電三十余處（密碼字數不一），致各軍隊及北方各都督，以為選舉總統之預備；[169]甚至對孫中山低三下四，每日數電前來，一則為其本人之立場開脫，二則請求孫中山予以推舉，而孫中山尚未復其一電。[170]另一方面，則在引渡洪述祖和阻止趙秉鈞自證清白問題上，動作頻頻，由此出現許多詭秘情況。