袁、趙不得不全力應對國民黨及輿論鋪天蓋地的攻擊。4月28日，趙秉鈞發表自辯勘電。同日，袁世凱亦發表堪電，聲援趙秉鈞。很快，輿論又予以批駁，認為宋案證據，不可以電辯了事，剖白大總統心跡，不可以一電了事，為趙秉鈞計，宜赴有司受法律之裁判，大總統亦惟但赴法庭求伸辯于法律而已。[95]5月1日，共和黨人孫武亦上書大總統，提出為保持全國政務進行計，似應準予（趙秉鈞）暫行辭職。電云：

    大總統鈞鑒：敬啟者。武日來疊閱上海程都督、各〔應〕省長宣布宋案證據通電，及趙總理對于各項證據剖析申明通電，知將來非訴諸法律，必不能證清案源，以安英靈而彰公道。在證據中，一月十四日趙總理致應犯函密碼送請檢收，以后有電直寄國務院一節，國務院為各部長官會同辦事之地，私計陰謀焉能出此。即此一節，已足證趙總理與應直接交涉，斷無特別隱事。直至三月十三日應犯致洪電，始有若不去宋之語，更可知謀宋動機，系當時由應動議主謀，洪且在被動地位，何論總理。將來水落石出，有罪無罪，必足以昭示天下，此固無庸為趙總理慮者也。惟是當此案未明之時，輿論分歧，趙總理不免處于嫌疑地位。國務總理既處于嫌疑地位，國人之信任心或因之薄弱，一切政務何能積極進行。武微聞總理前已提出辭職書數次，我大總統為保持全國政務進行計，似應準予暫行辭職，靜候該案結清，再行復位，庶此案不致牽動政府，民國前途或增穩固。武困思熟慮，以為似應如此，始足以維持大局。一得之愚，是否可采，伏希酌奪，敬請鈞安。孫武叩。[96]

    在此情形下，趙秉鈞又一次提出辭職。據5月2日《亞細亞日報》載，趙總理日前面謁總統，力陳病體不支，堅求辭職?？偨y頗致慰留之意，而趙退志甚堅，回寓后即飭辦免官呈文，立時呈遞。[97]呈文以日來頭眩益甚，困頓不支，力疾從公，倍形竭蹶，設有貽誤，關系匪輕，請求準予免官，俾資調理。但袁世凱并未批準免官，而是批示：該總理病體未痊，應給假十五日，俾資調理。所請免官之處，應毋庸議。[98]同時令段祺瑞暫代國務總理，接著又令言敦源暫代內務總長。對于這一人事變動，張國淦記道：

    宋案出后，舉國嘩然，除公布文電外，空氣緊張，日甚一日。府方正籌對策，適四月三十日，府秘書長梁士詒自滬返京（在宋案前梁以私事去粵），建議：此事只有先免趙職，改任唐紹儀，另組內閣，以平民黨之氣。至趙有無嫌疑，再待國民評判，庶可緩和。其時，趙辭職呈文已遞多日，總統采用梁說，即令府秘書辦趙秉鈞免職、唐紹儀為國務總理命令。當電召我到府，囑將命令帶院，由總理署名，交印鑄局發表。時有一人在座（不識其人，年約五十歲以上），力言為漢殺晁錯，不能止吳濞之兵?？偨y能始終遷就，即可犧牲晁錯；若果有決心，今日萬不必出此云云。袁遲回半晌，將命令收回。至五月一日而陸軍總長段祺瑞代理國務總理之命令下矣（內務總長以次長言敦源代理）。[99]

    此段中，宋案出后是指程、應4月25日通電全國，撮要公布宋案證據一事。公布文電指政府方面，袁、趙于4月28日發表勘電等事。趙辭職呈文當指前文所引趙呈請解職文稿。由張國淦所記可知，袁曾考慮接受梁士詒的建議，同意趙秉鈞辭職，以應對國民黨和輿論攻擊，但在有人提出漢殺晁錯，不能止吳濞之兵后，袁決定收回成命。由于外界普遍將趙秉鈞視為袁世凱心腹，并且當時袁世凱事實上也已受到攻擊，漢殺晁錯，不能止吳濞之兵一說顯然觸動了袁世凱。袁讓段祺瑞代理國務總理，卻未準趙免官之請，而是給假15日，令其調養身體，用心十分明顯：一方面做出姿態，以緩和國民黨及輿論攻擊，另一方面繼續讓趙秉鈞充當擋箭牌。只要趙秉鈞不免職，袁世凱就多一重防火墻。原本擔心袁世凱會犧牲自己的趙秉鈞此刻大概也明白袁的用意，知道自己對袁世凱還有用，但心里總是不舒服。故有報道云：趙自遷三海后，終日吞云吐霧，忽曰：我老夫老妻，落此下場，實不甘心。[100]5月15日，趙秉鈞以病體依然，呈請續假15日，獲得袁世凱批準。[101]6月3日，趙秉鈞以病體仍未就痊，第二次呈請續假15日，又獲得批準。[102]進入6月中旬后，宋案對袁、趙的沖擊漸弱，心力交瘁的趙秉鈞于6月16日再次呈請準免國務總理、內務總長本官，遴員繼任，但袁世凱仍不同意，批以再給假半月，安心調治，所請免官之處，仍毋庸議。[103]7月12日，二次革命爆發，袁世凱與國民黨人徹底決裂，趙秉鈞完全失去擋箭牌作用，袁這才于7月16日同意免去趙秉鈞國務總理、內務總長本官。此時的袁世凱對趙秉鈞應當是既感激，又愧疚，因此隔天便任命趙秉鈞為步軍統領兼管理京師巡警事務。12月16日，又委趙以直隸都督重任。1914年2月27日趙病卒任上。

    由以上敘述可知，從刺宋案發生直至二次革命爆發的三個多月中，趙秉鈞幾乎一直在要求辭職或免職，但每一次都被袁世凱拒絕，并遭到袁世凱周圍多數人反對。一些輿論對于趙秉鈞堅欲辭職，也從一開就持反對論調。如《亞細亞日報》專門刊登社說，對聞聽趙秉鈞決意提出辭表，表示較聞暗殺宋教仁消息之傳來，尤為震駭，認為宋君為社會中之個人，其被暗殺亦為通常習聞之事，即極其關系之重大，不過為政黨中重要分子與有學識之一人材，若因社會上殺一個人而總理辭職，則吾未之前聞；即殺一政黨中人與有學識之人材，而總理辭職，吾人未之前聞。又認為，洪述祖雖然是內務部秘書，但洪述祖之與刺宋案，為個人行動，為有所主使，尚未可知。但使能實行拿洪解滬，總理對于此案，即可不復過問。若謂社會中有嫌疑總理、指目總理者，則悠悠之口，何所為而不可。身當政局，焉有如許閑情，與社會爭氣，與報館斗口。因此，批評趙秉鈞提出辭職為無意識之行動，乃婦人女子負氣之所為，豈當國重人之所宜出此乎？真所謂不識大體者也。[104]又認為：