因陳友諒和朱元璋之間的形勢發生改變，張士誠開始蘇醒，他迅速派兵包圍太湖東南方向的長興，誘使常遇春前去救援。

    明軍一面要制止張士誠，一面要看住陳友諒，同時還要拿下江西，這一舉動戰線太長，非常危險。

    1361年底，鄧俞攻占了撫州，接著漢軍的南昌指揮官、行省丞相胡美要求議和，他的要求是：他的部隊加入明軍，但建制不變，他的隊伍仍由他自己率領。

    朱元璋同意這個條件，不過他要求胡美即刻放棄南昌，并要求胡美去明軍主力部隊中服役。

    胡美與朱元璋達成共識，但他沒能說服他的部下，胡美本人后來于大明建朝后被封爵。

    1362年2月，朱元璋主力部隊開進南昌，他實際上接掌了陳友諒在江西的政治地位，也順利接過了這里的主宰大權。

    朱元璋離開南京已經太久，他沒有時間去整合陳友諒投降部隊的軍務，還有各個城市戍軍之間的強制改組，這是他統一明軍之后必須要做的事情。

    1362年3月，朱元璋返航南京。

    浙江內陸被大將胡大海牢牢掌握在手中，但一些苗族的非正規軍開始不安分，這批部隊在明軍攻占浙江之前就在元軍中服役，后頭都集中守在金華和處州。

    朱元璋遠在長江上游，這時候苗軍內部開始互通消息，準備叛亂。

    1362年3月3日，守在金華的苗軍開始sao動，他們殺了明軍將領胡大海。四天之后，處州的苗軍也開始效仿，他們殺了城防守將耿再成。

    或許苗軍是受了吳軍的挑唆和支持，在朱元璋回南京的時候，他在浙江的政權已經岌岌可危了。

    回了南京之后，朱元璋令他的外甥李文忠為浙江明軍大都督，李文忠奪回金華，但這批苗軍已經從原陣地逃走，奔向了張士誠的部隊。

    張士誠派他的兄弟張士信統領大軍攻打諸全，諸全是明軍在浙江的外圍堡壘，外有入侵，內有叛亂，李文忠單槍匹馬駐守金華。李文忠用了心計，他放出假的風聲，說邵榮即將支援諸全。

    朱元璋正令大將邵榮出兵收復處州，邵榮是明軍中最高將領，其地位甚至高于徐達與常遇春，其時，邵榮正奔赴處州，而李文忠也不可能得到邵榮的支援。

    李文忠請胡德信和他的廣信軍馳援，但張士信和他的部下被邵榮極其難纏的名聲擾亂了軍心，后頭張士信被諸全的守軍和援軍夾攻打敗，而邵榮也在這時候收復了處州。

    浙江的戰火漸歇，江西的情況卻日愈演愈烈，朱元璋帶著大部隊回到南京之后，他只給守在南昌的鄧俞留了少量兵力，他也曾經讓胡美的兩位部下去長江上游支援徐達。

    但在朱元璋離開南昌之后，他才恍然警覺胡美的這兩個部下祝宗和康泰一直反對胡美投降，等明軍大部隊離開南昌城，祝宗和康泰就突襲了南昌，他們用炮火轟掉城門，并洗劫了南昌城池，守將鄧俞被迫逃離南昌。

    朱元璋讓徐達撤離武昌，他要恢復和保持明軍在江西已經勝利的地位，則只能讓陳友諒在湖南湖北重塑他的武裝。

    1362年5月，徐達收回南昌。與此同時，常遇春修復安慶城垣，安慶重新歸置于明軍控制之下，并且可以保護明軍的心臟位置——南京。

    邵榮是朱元璋在最早起事時的老伙伴，他在明軍將領中身居高位，但他并非赫赫有名。邵榮從苗人手里收復處州是他近幾年來第一次獨立作戰的結果，當邵大將軍的戰功不被明軍中的大部分人承認的時候，他滋生了叛逆的情緒。

    邵榮與趙繼祖發動政變，他們打算在朱元璋領明軍回朝的時候殺了他。當天他們關上城門，準備射殺朱元璋，可惜大風刮起，朱元璋的身體被城門口一面旗幟裹住，朱元璋不喜歡這個預兆，于是換了個城門進城。

    潛伏在南京城中的情報人員揭發了這兩位叛將的陰謀，朱元璋征詢其他將軍的意見，常遇春的性格有些自大和急躁，他直接說：“該殺?！?/br>
    邵榮和趙繼祖被處死，從此明軍的高級將領都開始各抒己見，自由發表心中意見。

    1363年，陳友諒集結新的艦隊卷土重來，他預備重現1360年漢軍自長江溯流而下的輝煌，可惜事與愿違，這次他被圍困南昌城三個月，并且他的水軍在鄱陽湖被全部摧毀。

    1363年10月30日，陳友諒在湖口被射殺身亡，他被箭射穿了眼睛。

    明漢的決戰就這樣結束了，陳友諒的幼子陳理被陳友諒余部張定邊帶走，他在逃回武昌的時候，讓陳理登上帝位。

    這一仗明軍俘虜漢軍水師五萬人，最后朱元璋攜陳友諒水師艦隊和戰俘回到南京。

    1364年，明漢勝負已分，張士誠接著就成了明軍的死敵。當明軍的主力部隊在長江南岸四處征討之時，張士誠心意不決，漏過了一次又一次出現的天賜良機。

    等朱元璋消滅陳友諒班師回朝的時候，其他二流的武裝割據政權反應各有不同，這些人包括堅決和朱元璋做對的陳有定，四川的明玉珍愿意和明政權締結友好盟約，而方國珍則給朱元璋進貢，朱元璋在接受貢品的同時，向方國珍下發最后通牒：等明軍攻占杭州，你在規定的日子內俯首稱臣。

    陳友諒死了，朱元璋致力于收復和吞并過去屬于漢政權的土地，其中包括江西和湖廣。

    常遇春領兵攻下武昌，湖南湖北余下的州府聞風投降。后頭楊靖鎮守武昌，徐達和常遇春合力圍攻廬州，左君弼逃走，在安豐與擴廓帖木兒兵合一處。

    1363年，朱元璋麾下一位將領不知道自己旗下有多少人馬，朱元璋因此而生氣。

    次年，也就是公元1364年，朱元璋開始推行一種全新的標準的軍隊編制表，他將過去野戰軍中各翼元帥府改稱為‘衛’?！l’的編制為五千人，再分成一千人一組的千戶所，千戶所再拆分成百人一組的百戶所。

    部隊指揮官都要放棄原有的稱呼和榮譽爵位，現在的人馬統一接受新的軍銜。朱元璋明確允許衛以下的軍銜世襲，軍戶世襲制同時也承襲了元代的兵制。

    1364年明軍改制，在明軍中服役的老兵，即朱元璋在攻打陳友諒的時候親自帶領過的主力士兵被分派成17個衛，這個集團的老兵被準許可以完全退休。其他部隊的人則被派去南京地區搞軍屯