第238節
二,青苔中伴生或者寄生著某種、甚至多重未知的微生物。 因此徐云他們做的第一件事,便是確定青苔凈化能力的來源。 十五分鐘后。 周佩瑤從電子顯微鏡上抬起頭,對徐云道: “徐神,我核對了foc和華夏植物志,青苔從形態上符合常見的水生類苔蘚?!?/br> “另外基因的its也測出來了,沒有變異跡象,可以斷定它不是新物種,自身不存在凈化能力?!?/br> 徐云面色平靜的點了點頭。 周佩瑤的實驗結果很明了,直接排除了第一種可能性。 因此具備潔凈效果的,應該就是青苔中存在的某種微生物了。 這個答案并不意外。 目前地球上已經發現的微生物——包括細菌、真菌、藻類等在內,總數大約有兩百多萬。 至于未被發現的數量就更多了,并且波動很大。 眾所周知。 目前推測生物種數一共有兩類方法: 一類是直接請分類學專家通過理論推算,評估世界上可能還有多少物種待發現。 另一類方法是根據已詳細調查區域的物種數量,外推至全球的總物種數。 然而,這些方法有許多假設與限制,使得推算的總物種數差異甚大。 最低的推算數值是三百萬,最高的甚至達到了一個億。 目前接受度比較高的一個數字,是由夏威夷大學馬諾阿分校camilo mora教授提出來的: 870萬,不包括病毒。 他是應用生物分類階層——也就是生物課本里學過的界門綱目科屬種的數量趨勢,推估出出來的這個數字(/tent/113/21/5970) 例如某動物門=10綱=100目=1000科=10000屬=100000種,同時不同類群的分類階層數量有相似的趨勢,且高階分類相對于種較穩定。 因此經過一系列的模擬,最終可推估得到較可信的總物種數。 camilo mora教授的這篇論文是目前全球被引用次數最多的統計文稿之一,也算是個比較權威的推論了。 870萬對比200萬。 因此在青苔之中發現某種甚至多種微生物的存在,徐云真的一點兒都不驚訝。 隨后他沉思片刻,對裘生道: “老裘,先做16s相似度檢測吧?!?/br> 裘生點點頭,飛快的帶上套……手套,說道: “行,我立馬就做?!?/br> 一般來說。 如果是培養皿培育出的菌株,檢測或者對比的難度往往都不高。 但對象若是自然界富集的樣本,cao作起來就比較麻煩了。 徐云所說的16s相似度檢測,指的是核糖體小亞基的rna組分檢測。 也就是16srrna。 這部分長度大約1500nt,不同物種略有差異,算是目前主流的九大新物檢測步驟之一。 五分鐘后。 裘生抬起頭,對徐云道: “老徐,準備好了,引物你覺得用啥?” 徐云想了想,很快道: “1492r吧?!?/br> “好嘞!” 半個小時后。 裘生抬起頭,打了個響指: “搞定,擴出來了,blast的密匙你有吧?” 徐云朝他豎起一根大拇指示意干得漂亮,隨后走到cao作臺邊,噼里啪啦的輸了一大串密匙。 做過新種檢測的同學應該都知道。 16s相似度檢測的界限其實有些模糊,因為不同分類群的檢測相似度閾值是不一樣的。 比如有的是97%,有的是99%。 只是在通常情況下。 相似度超過97%的,就可以認為是一個物種。 相似度低于97%的,就可以認為是不同物種,進行下一階段檢測。 不過就是這樣一種不太精細的檢測手段,卻依舊是很多新物檢測邁不過去的一道坎: 大部分樣本在經過檢測之后,都會發現相似度在99.99%以上,與其他某某微生物是同一物種。 總而言之。 這項技術在定屬方面還是靠譜的。 又過了一會兒。 裘生一臉驚喜的抬起頭,聲音驟然拔高了幾分: “老徐,相似度46.9%,46.9%??!” “毫無疑問,這是一類新物!” 徐云認真的看了他一眼,確認道: “只有一種新物嗎?” “沒錯,只有一種!” 徐云若有所思的點點頭,又道: “那就繼續上磷脂脂肪酸和呼吸醌鑒定吧?!?/br> 眾所周知。 新物鑒定一般都有九個流程: 1、16s相似度。 2、形態學觀察。 比如這個菌的形狀、大小、鞭毛情況等等,還包括最適生長條件的確定。 3、磷脂脂肪酸鑒定,這個具有屬特異性。 4、呼吸醌,也就是看一下占優勢的呼吸醌是哪種,這個有種特異性。 5、分子雜交,也就是測定基因組序列,草圖就行,然后跟近源物種去比較。 相似度超過70%是一個種,低于70%是不同物種。 6、碳源利用情況,看一下能利用哪些碳源,一共有95種碳源的測試。 7、api試劑盒鑒定,生理生化鑒定的一方面。 8、gc含量。 9、革蘭氏染色。 大概經過這些方面的檢查,就可以確定是不是新種了。(注:不知道這樣寫的比較詳細大家愿不愿意看?這種詳細流程應該沒有其他書寫過,找人問其實很麻煩的,要是還被嫌水下次我就不寫了) 其中第五個流程,也就是分子雜交這次可以直接忽略——畢竟第一部 測出來的46.9%實在是差距太明顯了。 考慮到時間問題,徐云將幾個步驟逐一分工,由幾位工具人……咳咳,課題組成員同步進行。 五個小時后。 一道最終報告出爐了。 “節叢孢屬的一類全新微生物,1000倍油鏡下可觀察到形態,體外具備大量假絲?!?/br> “這種假絲可以分離,與目標結合完成某種化合反應,這是……禿頭攻擊?” “一片青苔中可以高密度富集8000單位的極少量新物,特性上與嗜酸乳桿菌有一定類似……嗯?” 隨后看著其中的一欄報告,徐云有些疑惑的抬起頭,對裘生問道: “老裘,新物對食物殘渣的凈化效果最為明顯?” 裘生點了點頭,指著不遠處的一個培養皿道: “經過我們的初步檢測,這種新型微生物可以有效遏制殘渣中氨氣、有機酸和硫化物的生成?!?/br> “并且對奈瑟氏菌和厭氧鏈球菌之類的細菌,有著極強的殺傷力?!?/br> 徐云微微一愣: “奈瑟氏菌和厭氧鏈球菌?” 不過很快,他便反應了過來: 這兩種細菌,都是人體唾液和牙齦的標準分泌物之一: 每一毫升的普通唾液里可以尋找出奈瑟氏菌8000萬個,在每一克牙齦分泌物中更是可以尋找出10億個厭氧鏈球菌。 在食堂里吐出骨頭啦、吐出西紅柿皮啦、吐出半截蛆蟲時沾染上這些細菌,最后流入下水管道是很正常的事情。 接著徐云指著報告,對裘生說道: “老裘,新種只對食物殘渣和唾液細菌有效嗎?”