捕房在應夔丞家搜出兇器五響手槍一支，內有槍彈兩枚，外彈殼兩枚，核與武士英所稱在火車站放出三響之供述正相符合。[36]雖然4月4日午后第二次預審時，武在捕房律師侃克尚未詢問刺宋案的情況下，便忽作兇悍狀，翻供曰此次殺宋教仁乃我一人起意，并無第二個人，并稱不認識應，也未到過應宅，但在侃克律師和法總領事康君及英公廨讞員關炯之詰問下，武士英很快便敗下陣來：

    侃問：爾認識應桂馨否？

    答：不認識。

    侃問：爾曾到過應家中否？

    答：不曾。

    侃問：爾在何處被捕房弋獲？

    答：在應先生家。

    康領事厲聲問武：爾既稱從未到過應家，何以被捕在應（家）捉出？

    武支吾答曰：我謂被捕后未曾去過耳。

    關讞員曰：爾被捕后自然不能到應（家）去。究竟爾被捕前曾去過否？

    武答：曾去過。

    侃問：汝放槍后到何處？

    答：到六野旅館。

    侃問：其后如何？

    答：明日遇見陳易仙（即陳玉生;引者），領我至應先生處躲避。

    侃問：爾在應家約若干時被捕？

    答：約住一天即被捕。[37]

    應夔丞于武士英被捕前半日，即3月24日凌晨被抓獲。他在預審時，也承認武士英于行刺宋教仁當晚曾到其家，為其留住。不過，應夔丞辯稱，武士英是受人指引來到其家，他將武士英留住是為了先穩住武士英，然后稟明上官。應夔丞并供稱，他曾對武士英說：你能到英國讀幾年書，腦筋就更清楚，你若外出，可不得了。[38]此點與武士英所供正相印證。經租界公堂預審之后，4月16日，武士英被法捕房移送上?？h模范監獄監禁。[39]4月18日晨，上海地方檢察廳長陳英派司法警察四名，六十一團團長陳其蔚派副官呂翊率軍士兩名，會同護送武士英至海運局步兵六十一團營倉禁錮，與應夔丞分別管押。[40]然而，僅僅一周后，即4月24日上午，武士英突然死于營倉之內，在當時引起諸多猜測，成為案中疑案。據陳其蔚當日向江蘇都督程德全報告武士英死前情形道：

    其蔚日夜周察，該武犯起居飲食，最為舒暢，并無異狀。至二十二日晚餐，較平日稍為減少。二十三日早晨，進以饅頭八個，食其六，尚留其二。至十時，據武犯聲稱，身生虱蟲，即派值日監守司令官胡士英去其手足銬，將原穿小衫衣褲概行更換，并將被褥就日曬之。午餐進以干飯，辭不食。須臾即換以稀飯一碗，僅食一半。其蔚恐其疾病，當飭本團軍醫長李達安細心察視。旋報稱該犯身犯熱癥并痔癥。據武犯自稱，自入營倉后每日夜間作冷發熱，大便閉結等語。當由軍醫官進以蓖麻油半兩、金雞吶粉十五厘等情報稱前來。其蔚因該犯既有疾病，去其手銬。夜間六時，該犯食粥一碗。深夜一時，據監守士兵報稱，該犯呼吸氣喘，當偕團內軍官四員往房探問。據云素有心痛病，作輟無常，數日后即可痊愈。今早四時半，又據監守長鄢排長復稱，該犯氣息漸衰，約一分鐘時候呼吸一回。比飭軍醫長一同往診，脈亂氣微。以事關重大，即奔報告黃中將（指黃郛;引者），后隨同黃中將赴都督行轅面稟情形。旋赴交涉司署，以電話詢問本團，該犯武士英業于上午九時四十四分氣絕，即將此情形面稟都督。[41]

    另據報道，武氣絕前，程德全曾令就近請上海醫院監院張竹君與紅十字會西醫柯司設法醫救，但已無力回天。[42]

    武士英死亡消息傳出后，各種猜疑不斷，或曰自盡，或曰毒殺，或曰暴病，言人人殊。政府方面之人認定武之死為國民黨所毒殺，稱刺宋一案系國民黨內部暗斗之結果，與政府毫無關系，而此次武犯之暴死，亦全系該黨一部人士之主使，并將矛頭指向負責監管武士英的黃郛，說黃固為國民黨一員，平生固與宋不好，彼甚恐該案一經嚴審，則該黨之暗斗遂生，異變之證據漸漸露出，關于各方面大有影響，故黃郛以某手段謀殺武犯，湮滅證據。[43]國民黨方面對武士英之死也頗感意外，上海交通部于4月26日通電北京本部及各省支部、交通部，報告宋案兇犯武士英忽暴死，情節可疑，尚待檢驗，并通告黨員開全體大會，討論對付。陳其蔚得悉后，決定親自到會報告病死之由，國民黨人則聲言，屆時倘有不合之處，必定激烈對待。[44]

    武士英之所以被管押在步兵第六十一團營倉，是因為案犯由租界移交中方后，上海地方檢察廳以案關系重大，本廳管押恐致疏虞，又不能與已判決人犯同施監禁，故不得已暫押于由程德全所指定之六十一團。故武死之后，上海地方檢察廳亦有函致程德全，詰問該武犯確于何日起病，是何病癥，何時身死，死時狀態如何，該團有無將詳細情形隨時報告，要求程德全飭查明晰，立予賜覆。[45]

    程德全得知武死消息后，立即知會上海地方檢察廳長陳崧生（即陳英），由陳廳長令檢察員帶檢驗吏至營倉，會同紅十字會西醫柯司及由陳廳長延請的西醫柏亨及法國醫生二人，于當天下午對武犯初步進行剖腹檢查。剖驗時曾取出五臟，驗得肝、肺二物及肺管、咽喉上節略有淤血積滯；又將大腸食肚剖驗，則并無毒物。當時各西醫詳細研究，謂如果服毒，臨死時定必上吐下瀉，否則必有惡劣難忍之象。今該犯并無此種動靜，似非服毒。[46]各西醫將武之心、肝、肺、胃、腰、腸、膀胱、腦并肺管上節計共九件，一并帶回醫院，做進一步檢查。又惟恐醫院獨驗，尚難昭信，爰將該兇犯之心肝物逐件剪分三份，一存公共捕房，請由西醫化驗；一存英工部局，交由西醫細驗；一份歸入醫院，由承剖各西醫化驗，以明真相。[47]