在近未來的城市“心園市”里，無論是大人還是小孩都熱衷于ar決斗。所謂的ar（augmented reality/增強現實）決斗，就是使用d視眼和d面板來決斗，并通過使用這兩件道具，從地面、天空、還有從建筑物里真實地飛出怪獸進行交鋒的超大魄力決斗！

    在心園市生活的主人公·九十九游馬也熱衷于卡片決斗，但水平只是初學者等級的連敗者。以某事件為契機，游馬與學校頭號不良少年·神代凌牙以決斗對決。這場決斗，將游馬的命運大大改變……！這場激斗中，總在游馬的夢里出來的詭異大門突然出現。緊緊關閉的大門被打開的瞬間，無數光芒溢出，抬頭一看身旁……那里站著從異世界來的神秘生命體·星光體（astral）！為了取回astral丟失的記憶，取回99張“no.卡”，2人開始一起行動。

    星光體出現的真正目的是什么？而新的怪獸“no.怪獸”這一存在又到底是何方神圣？強力競爭對手陸續在游馬面前出現，而astral身上的謎團也逐漸明朗化。由這個組合締造的新決斗傳說，如今揭開序幕！

    wdc（世界決斗狂歡節）閉幕，心園市迎來和平。游馬和astral也與同伴們一起回到校園生活，享受決斗。

    另一方面在那背后，盯上astral的記憶碎片“no.卡”的敵人在暗中活動。那就是跟星光世界敵對的巴利安世界。他們以讓超量怪獸混沌化的“rum（升階魔法）”為王牌，阻擋在游馬他們面前！游馬和astral，對巴利安遠超想像的決斗感到驚愕……

    在這個危機下，被游馬“想救星光體世界！”的強烈決心打動的天城快斗和神代凌牙再次集結。3人將與同伴的羈絆記于心中，驅使王牌挑戰決斗！游馬和astral的新的戰斗，從這一刻開始??！

    astral依舊和游馬一起為保衛no.卡和巴利安對抗。由于貝庫塔假扮成真月一事，導致astral和游馬徹底“決裂”，并且黑化，奪走了zexal的主動權。但在游馬的不懈努力下，astral最終恢復。

    但是astral消失了，但他還活著在星光體世界，游馬決定去找他。

    游馬受到快斗他們支援，啟程到星光世界去了。好不容易到達的卻是什么都沒有的世界，游馬雖對此感到吃驚但還是往前走想找到astral，突然有5道光芒伴隨沖擊一起出現在他那里！

    在純潔的星光世界里，游馬作為混沌性的存在，被星光世界的意志盯上。那時救了游馬的是過去放入父親一馬卡組的‘彩虹栗子球’！前途多難的冒險拉開序幕的游馬，與彩虹栗子球一起面對星光世界的意志。

    與多次來襲游馬的星光世界的意志——埃利法斯的決斗開始了！以升階為目標的星光世界，其抽卡全部被稱為‘閃光抽卡’埃利法斯不斷召喚升階怪獸，對游馬窮追猛打！

    游馬為了救命中注定因遇游馬而滅的astral，拼死展開攻防，可是還是逃不出埃利法斯的升階怪獸猛攻！

    埃利法斯召喚的升階怪獸面前，游馬不退縮而繼續戰斗。他心里只是一心一意地想要救astral！就像在支援游馬他那份心意，彩虹栗子球出手解救危機。

    與埃利法斯決斗而陷入苦戰的游馬面前，居然出現13階的‘新序系·以太阿門’??！發出壓倒性強度的怪獸效果，把游馬逼向絕望的深淵……！

    一心想救astral而拼命作戰的游馬，眼看已經遍體鱗傷就要倒下了……可是，火熱燃燒的“毅飛沖天”精神試圖生出新的奇跡！

    正當游馬在星光世界展開戰斗的時候，地上的世界各地發生著暴動。多達100萬張的偽“no.卡”分散到全世界，世界充滿了拿到那些‘no.’的人們所發出的不祥之氣。

    推測這個狀況是巴利安所為的3他們面前，以前折磨快斗和陽斗的心城先生現身了！快斗代替游馬和astral打算守護這個世界，他接受與心城先生的因緣決斗……！可是，心城先生的手中掌握新的‘no.’。

    巴利安世界和人類世界的融合開始，快斗全身承受“巴利安球狀場地”的負荷！再加上，由于巴利安的陷阱而遭受其數百倍沖擊，已經是連站也站不起來了……。

    那時，達成讓astral復活的游馬出現！心城先生不禁感到震驚。像以前快斗救了自己決斗時那樣，游馬也與astral一起接替這場決斗，挑戰與心城先生的最終決戰！

    伴隨沖擊一起出現在游馬他們面前的巴利安七皇。那里貝庫塔和德魯貝他們旁邊，作為同伴并肩作戰的鯊魚和璃緒也并列一排……！

    游馬對這事態感到混亂，他向鯊魚拼命訴說，但那里卻不再是以前鯊魚的身影，站著的只有那個名叫納修的七皇。

    游馬的皇之鍵與鯊魚的吊墜共鳴之時，游馬看見鯊魚過去的記憶，在過度的沖擊下昏迷過去！游馬他們迫不得已撤退之際，以前展開激斗的眾多決斗者集結來救他們……！

    就在世界陷入混亂之時，在所有人都沒察覺下，在某處的某個地方發生了時間與空間的扭曲，從扭曲的虛影中走出了一個被黑色斗篷遮住所有樣貌的人，他的身影時隱時現仿佛下一秒就會消失一樣。

    “我回來了?！睆乃谥姓f出了這樣一句話，聲音清冽似乎不帶任何感情。

    在他轉身的一瞬間，可以看到從斗篷里露出的那一雙泛著冷光的暗金色的眼眸。